Dès la création, en décembre 1794, au Muséum National d’Histoire Naturelle,  de la chaire de Zoologie des Mammifères et des Oiseaux, résultant de la chaire unique de Zoologie fondée en 1793, qui regroupait sous la direction d’Etienne Geoffroy Saint-Hilaire l’étude des Invertébrés et des Vertébrés, la bibliothèque d’ornithologie semble avoir eu une existence, certes informelle autour des collections ornithologiques et des bibliothèques personnelles des scientifiques travaillant dans ce laboratoire, qui n'avaient pas encore eu l’idée de mettre les documents en commun.

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A partir du milieu du XIXème siècle, les legs des différents chercheurs et ceux d'amateurs éclairés de l'époque ont constitué par ajouts successifs le fonds de base de livres et de périodiques de la bibliothèque Mammifères & Oiseaux.

En parallèle du développement  des sociétés savantes  la bibliothèque  a connu au  début du XXème siècle  un développement tout particulier grâce à l’hébergement de la Société Ornithologique de France dans les locaux du Muséum.

Les fonds ont alors été mis en commun et  la revue  L’Oiseau et la Revue Française d’Ornithologie a alors permis l’accroissement de  la partie  « Ornithologie » du fonds par l’échange de revues avec de nombreuses institutions françaises et étrangères et l’obtention d’ouvrages en exemplaires de presse.

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La  fusion  de la Société Ornithologique de France avec la Société d’Etudes Ornithologiques à la fin de l’année 1993 entraîne, courant 1994, le rapatriement au Muséum du fonds de la Société d’Etudes Ornithologiques jusque-là stocké à l’ENS rue d’Ulm et à Brunoy. Cet ensemble, issu des différents fonds, constitue une bibliothèque d’une grande valeur scientifique, apportant ainsi un concours inestimable à la Direction des Bibliothèques et de la Documentation du Muséum.